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We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.
Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020
Alm, Erik;Broberg, Eeva K.;Connor, Thomas;Hodcroft, Emma B.;Komissarov, Andrey B.;Maurer-Stroh, Sebastian;Melidou, Angeliki;Neher, Richard A.;O'Toole, Áine;Pereyaslov, Dmitriy;Beerenwinkel, Niko;Posada-Céspedes, Susana;Jablonski, Kim Philipp;Ferreira, Pedro Falé;Topolsky, Ivan;Avšič-Županc, Tatjana;Korva, Miša;Poljak, Mario;Zakotnik, Samo;Zorec, Tomaž Mark;Bragstad, Karoline;Hungnes, Olav;Stene-Johansen, Kathrine;Reusken, Chantal;Meijer, Adam;Vennema, Harry;Ruiz-Roldán, Lidia;Bracho, María Alma;García-González, Neris;Chiner-Oms, Álvaro;Cancino-Muñoz, Irving;Comas, Iñaki;Goig, Galo A.;Torres-Puente, Manuela;López, Mariana G.;Martínez-Priego, Llúcia;D'Auria, Giuseppe;Ruíz-Hueso, Paula;Ferrús-Abad, Loreto;de Marco, Griselda;Galan-Vendrell, Inmaculada;Carbó-Ramirez, Sandra;Ruiz-Rodriguez, Paula;Coscollá, Mireia;Polackova, Katerina;Kramna, Lenka;Cinek, Ondrej;Richter, Jan;Krashias, George;Tryfonos, Christina;Bashiardes, Stavros;Koptides, Dana;Christodoulou, Christina;Bartolini, Barbara;Gruber, Cesare Em;Di Caro, Antonino;Castilletti, Concetta;Stefani, Fabrizio;Rimoldi, Sara Giordana;Romeri, Francesca;Salerno, Franco;Polesello, Stefano;Nagy, Alexander;Jirincova, Helena;Vecerova, Jaromira;Novakova, Ludmila;Cordey, Samuel;Murtskhvaladze, Marine;Kotaria, Nato;Schär, Tobias;Beisel, Christian;Vugrek, Oliver;Rokić, Filip;Trgovec-Greif, Lovro;Jurak, Igor;Rukavina, Tomislav;Sučić, Neven;Schønning, Kristian;Karst, Søren M.;Kirkegaard, Rasmus H.;Michaelsen, Thomas Y.;Sørensen, Emil Aa;Knutson, Simon;Brandt, Jakob;Le-Quy, Vang;Sørensen, Trine;Petersen, Celine;Pedersen, Martin Schou;Larsen, Sanne Løkkegaard;Skov, Marianne Nielsine;Rasmussen, Morten;Fonager, Jannik;Fomsgaard, Anders;Maksyutov, Rinat Amirovich;Gavrilova, Elena Vasil'Evna;Pyankov, Oleg Victorovich;Bodnev, Sergey Alexandrovich;Tregubchak, Tatyana Vladimirovna;Shvalov, Alexander Nikolayevich;Antonets, Denis Victorovich;Resende, Paola Cristina;Goya, Stephanie;Perrin, Amandine;Lee, Raphael Tc;Yadahalli, Shilpa;Han, Alvin X.;Russell, Colin A.;Schmutz, Stefan;Zaheri, Maryam;Kufner, Verena;Huber, Michael;Trkola, Alexandra;Antwerpen, Markus;Walter, Mathias C.;van der Werf, Sylvie;Gambaro, Fabiana;Behillil, Sylvie;Enouf, Vincent;Donati, Flora;Ustinova, Monta;Rovite, Vita;Klovins, Janis;Savicka, Oksana;Wienecke-Baldacchino, Anke K.;Ragimbeau, Catherine;Fournier, Guillaume;Mossong, Joël;Aberle, Stephan W.;Haukland, Mattias;Enkirch, Theresa;Advani, Abdolreza;Karlberg, Maria Lind;Lindsjö, Oskar Karlsson;Broddesson, Sandra;Sláviková, Monika;Ličková, Martina;Klempa, Boris;Staroňová, Edita;Tichá, Elena;Szemes, Tomáš;Rusňáková, Diana;Stadler, Tanja;Quer, Josep;Anton, Andres;Andres, Cristina;Piñana, Maria;Garcia-Cehic, Damir;Pumarola, Tomas;Izopet, Jacques;Gioula, Georgia;Exindari, Maria;Papa, Anna;Chatzidimitriou, Dimitrios;Metallidis, Symeon;Pappa, Stella;Macek, Milan;Geryk, Jan;Brož, Petr;Briksí, Aleš;Hubáček, Petr;Dřevínek, Pavel;Zajac, Miroslav;Kvapil, Petr;Holub, Michal;Kvapilová, Kateřina;Novotný, Adam;Kašný, Martin;Klempt, Petr;Vapalahti, Olli;Smura, Teemu;Sironen, Tarja;Selhorst, Philippe;Anthony, Colin;Ariën, Kevin;Simon-Loriere, Etienne;Rabalski, Lukasz;Bienkowska-Szewczyk, Krystyna;Borges, Vítor;Isidro, Joana;Gomes, João Paulo;Guiomar, Raquel;Pechirra, Pedro;Costa, Inês;Duarte, Sílvia;Vieira, Luís;Pyrc, Krzysztof;Zuckerman, Neta S.;Turdikulova, Shahlo;Abdullaev, Alisher;Dalimova, Dilbar;Abdurakhimov, Abror;Tagliabracci, Adriano;Alessandrini, Federica;Melchionda, Filomena;Onofri, Valerio;Turchi, Chiara;Bagnarelli, Patrizia;Menzo, Stefano;Caucci, Sara;Di Sante, Laura;Popa, Alexandra;Genger, Jakob-Wendelin;Agerer, Benedikt;Lercher, Alexander;Endler, Lukas;Smyth, Mark;Penz, Thomas;Schuster, Michael;Senekowitsch, Martin;Laine, Jan;Bock, Christoph;Bergthaler, Andreas;Shevtsov, Alexandr;Kalendar, Ruslan;Ramanculov, Yerlan;Graf, Alexander;Muenchhoff, Maximilian;Keppler, Oliver T.;Krebs, Stefan;Blum, Helmut;Marcello, Alessandro;Licastro, Danilo;D'Agaro, Pierlanfranco;Laubscher, Florian;Vidanovic, Dejan;Tesovic, Bojana;Volkening, Jeremy;Clementi, Nicola;Mancini, Nicasio;Rupnik, Maja;Mahnic, Aleksander;Walker, Andreas;Houwaart, Torsten;Wienemann, Tobias;Vasconcelos, Malte Kohns;Strelow, Daniel;Jensen, Björn-Erik Ole;Senff, Tina;Hülse, Lisanna;Adams, Ortwin;Andree, Marcel;Hauka, Sandra;Feldt, Torsten;Keitel, Verena;Kindgen-Milles, Detlef;Timm, Jörg;Pfeffer, Klaus;Dilthey, Alexander T.;Moore, Catherine;Ozdarendeli, Aykut;Pavel, Shaikh Terkis Islam;Yetiskin, Hazel;Aydin, Gunsu;Holyavkin, Can;Uygut, Muhammet Ali;Cevik, Ceren;Shchetinin, Alexey;Gushchin, Vladimir;Dinler-Doganay, Gizem;Doganay, Levent;Kizilboga-Akgun, Tugba;Karacan, Ilker;Pancer, Katarzyna;Maes, Piet;Martí-Carreras, Joan;Wawina-Bokalanga, Tony;Vanmechelen, Bert;Thürmer, Andrea;Wedde, Marianne;Dürrwald, Ralf;von Kleist, Max;Drechsel, Oliver;Wolff, Thorsten;Fuchs, Stephan;Kmiecinski, Rene;Michel, Janine;Nitsche, Andreas;Casas, Inmaculada;Caballero, María Iglesias;Zaballos, 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Y.;Georgana, Iliana;Goodfellow, Ian;Yakovleva, Anna;Meredith, Luke W.;Gavriil, Artemis;Awan, Ali Raza;Fisher, Chloe;Edgeworth, Jonathan;Lynch, Jessica;Moore, Nathan;Williams, Rebecca;Kidd, Stephen P.;Cortes, Nicholas;Brunker, Kirstyn;McCrone, John T.;Quick, Joshua;Duckworth, Nichola;Walsh, Sarah;Sloan, Tim;Ludden, Catherine;George, Ryan P.;Eltringham, Gary;Brown, Julianne R.;Aranday-Cortes, Elihu;Shepherd, James G.;Hughes, Joseph;Li, Kathy K.;Williams, Thomas C.;Johnson, Natasha;Jesudason, Natasha;Mair, Daniel;Thomson, Emma;Shah, Rajiv;Parr, Yasmin A.;Carmichael, Stephen;Robertson, David L.;Nomikou, Kyriaki;Broos, Alice;Niebel, Marc;Smollett, Katherine;Tong, Lily;Miah, Shahjahan;Wittner, Anita;Phillips, Nicole;Payne, Brendan;Dewar, Rebecca;Holmes, Alison;Bolt, Frances;Price, James R.;Mookerjee, Siddharth;Sethi, Dheeraj K.;Potter, Will;Stanley, Rachael;Prakash, Reenesh;Dervisevic, Samir;Graham, Jonathan Clive;Nelson, Andrew;Smith, Darren;Young, Gregory R.;Yew, Wen Chyin;Todd, John A.;Trebes, Amy;Andersson, Monique;Bull, Matthew;Watkins, Joanne;Birchley, Alec;Gatica-Wilcox, Bree;Gilbert, Lauren;Kumžiene-Summerhayes, Sara;Rey, Sara;Chauhan, Anoop;Butcher, Ethan;Bicknell, Kelly;Elliott, Scott;Glaysher, Sharon;Lackenby, Angie;Bibby, David;Platt, Steven;Mohamed, Hodan;Machin, Nicholas William;Mbisa, Jean Lutamyo;Evans, Jonathan;Perry, Malorie;Pacchiarini, Nicole;Corden, Sally;Adams, Alexander Geraint;Gaskin, Amy;Coombs, Jason;Graham, Lee John;Cottrell, Simon;Morgan, Mari;Gifford, Laura;Kolyva, Anastasia;Rudder, Steven John;Trotter, Alexander J.;Mather, Alison E.;Aydin, Alp;Page, Andrew J.;Kay, Gemma L.;de Oliveira Martins, Leonardo;Yasir, Muhammad;Alikhan, Nabil-Fareed;Thomson, Nicholas M.;Gilroy, Rachel;Kingsley, Robert A.;O'Grady, Justin;Gutierrez, Ana Victoria;Diaz, Maria;Viet, Thanh Le;Tedim, Ana P.;Adriaenssens, Evelien M.;Patrick Mcclure C.;Moore, Christopher;Sang, Fei;Clark, Gemma;Howson-Wells, Hannah C.;Debebe, Johnny;Ball, Jonathan;Chappell, Joseph;Khakh, Manjinder;Carlile, Matthew;Loose, Matthew;Lister, Michelle M.;Holmes, Nadine;Tsoleridis, Theocharis;Fleming, Vicki M.;Wright, Victoria;Smith, Wendy;Gallagher, Michael D.;Parker, Matthew;Partridge, David G.;Evans, Cariad;Baker, Paul;Essex, Sarah;Liggett, Steven;Keeley, Alexander J.;Bashton, Matthew;Rooke, Stefan;Dervisavic, Samir;Meader, Emma Jane;Lopez, Carlos Enrique Balcazar;Angyal, Adrienn;Kristiansen, Mark;Tutill, Helena J.;Findlay, Jacqueline;Mestek-Boukhibar, Lamia;Forrest, Leysa;Dyal, Patricia;Williams, Rachel J.;Panchbhaya, Yasmin;Williams, Charlotte A.;Roy, Sunando;Pandey, Sarojini;Stockton, Jo;Loman, Nicholas J.;Poplawski, Radoslaw;Nicholls, Samuel;Rowe W. P. M.;Khokhar, Fahad;Pinckert, Malte Lars;Hosmillo, Myra;Chaudhry, Yasmin;Caller, Laura G.;Davidson, Rose K.;Griffith, Luke;Rambaut, Andrew;Jackson, Ben;Colquhoun, Rachel;Hill, Verity;Nichols, Jenna;Asamaphan, Patawee;Darby, Alistair;Jackson, Kathryn A.;Iturriza-Gomara, Miren;Vamos, Ecaterina Edith;Green, Angie;Aanensen, David;Bonsall, David;Buck, David;Macintyre-Cockett, George;de Cesare, Mariateresa;Pybus, Oliver;Golubchik, Tanya;Scarlett, Garry;Loveson, Katie F.;Robson, Samuel C.;Beckett, Angela;Lindsey, Benjamin;Groves, Danielle C.;Parsons, Paul J.;McHugh, Martin P.;Barnes, James Daniel;Manso, Carmen F.;Grammatopoulos, Dimitris;Menger, Katja Elisabeth;Harrison, Ewan;Gunson, Rory;Peacock, Sharon J.;Gonzalez, Gabriel;Carr, Michael;Mihaela, Lazar;Popovici, Odette;Brytting, Mia;Bresner, Catherine;Fuller, William;Workman, Trudy;Mentis, Andreas F.;Kossyvakis, Athanasios;Karamitros, Timokratis;Pogka, Vasiliki;Kalliaropoulos, Antonios;Horefti, Elina;Kontou, Aspasia;Martinez-Gonzalez, Beatriz;Labropoulou, Voula;Voulgari-Kokota, Androniki;Evangelidou, Maria;Bizta, Panagiota;Belimezi, Maria;Lambrechts, Laurens;Doymaz, Mehmet Z.;Yazici, Merve Kalkan;Cetin, Nesibe S.;Karaaslan, Elif;Kallio-Kokko, Hannimari;Virtanen, Jenni;Suvanto, Maija;Nguyen, Phuoc Truong;Ellonen, Pekka;Hannula, Sari;Kangas, Harri;Sreenu, Vattipally B.;Burián, Katalin;Terhes, Gabriella;Gombos, Katalin;Gyenesei, Attila;Urbán, Péter;Herczeg, Róbert;Jakab, Ferenc;Kemenesi, Gábor;Tóth, Gábor Endre;Somogyi, Balázs;Zana, Brigitta;Zeghbib, Safia;Kuczmog, Anett;Földes, Fanni;Lanszki, Zsófia;Madai, Mónika;Papp, Henrietta;Nagy, Ágnes;Pereszlényi, Csaba István;Babinszky, Gergely Csaba;Dudás, Gábor;Csoma, Eszter;Abou Tayoun, Ahmad N.;Alsheikh-Ali, Alawi A.;Loney, Tom;Nowotny, Norbert;Abdul-Wahab, Osama;Gonzalez-Candelas, Fernando;Andersen, Martin H.;Taylor, Sarah
2020-01-01
Abstract
We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomenclature systems to all sequence data from the World Health Organization European Region available until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation, compare the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.